Монастырь был оcнован в 1409 году учениками Цонкапы. Цонкапа прибыл на место будущего монастыря с одним из своих учеников — Гендун Друбом (1391-1474 гг.), который посмертно был признан Первым Далай-ламой. Это один из самых крупных буддийских монастырей и знаменитый университет школы гелуг тибетского буддизма, а также место паломничества. В монастыре сейчас более 200 монахов.

Ранее Ганден был одним из трех государственных монастырей. Название Ганден (Тибетский перевод санскритского «Тушита») — легендарная обитель Будды Майтреи. Монастырь находится на высоте 4,500 м.

Гендун Друб поручил двум другим ученикам руководить строительством, и основные здания монастыря были возведены за год. Позже Ганден, который был поделен на два колледжа — Шарце и Жангце — превратился в огромный монастырский комплекс, в котором проходило обучение до четырех тысяч монахов.

Находясь в удалении от Лхасы, Ганден менее популярен среди туристов и паломников, чем Сера и Дрепунг, однако исторически именно в монастыре Ганден находились руководители администрации и политические лидеры школы гелуг.