В октябре 1935 года после Великого похода из Цзянси в Шаньси появились Войска Китайской Красной армии. В декабре 1936 года, с созданием Второго объединённого фронта, Яньань заняла КПК. В 1937 году город Яньань стал столицей правительства контролируемого района КПК, названного "Шань-Гань-Нин", или Пограничный район Шаньси-Ганьсу-Нинся.

Во внутриполитическом смысле эпоха Яньань символизирует утопический период молодости, когда коммунистами Китая были реализованы идеализированная простота жизни, истинно народная культура и социальная справедливость. Здесь было организовано широкое обучение партийных кадров и тренировка вооружённых сил. На основе работы по обучению кадров в 1941 году был открыт первый университет правительства КПК — Яньаньский университет.

В ходе Второй мировой войны город подвергся серьёзной бомбардировке японской авиации, из-за чего из его зданий уцелела только одна пагода. Многие жители поселились в искусственных пещерах-яодунах, вырытых в горных склонах — традиционных для жилищах Шаньси.

Впоследствии в городе размещалась Наблюдательная группа Армии США, или Миссия Дикси, состоявшая из гражданских специалистов и призванная исследовать возможности координации действий США с КПК в борьбе с японской армией. Миссия присутствовала в городе Яньань с 1944 по 1947 годы.

Правительство Мао Цзэдуна покинуло Яньань в 1947 году. В 1949 году оно сделало своей столицей Пекин, и Яньань превратился в обычный провинциальный город.